Entregando Ácido Ribonucleico con pequeñas esferas similares a esponjas

ARN pequeña esponja
Imagen: Hammond laboratory

Un nuevo método de interferencia de Ácido Ribonucleico (ARN, o RNA por sus siglas en inglés de RiboNucleic Acid) muestra promesa para tratar el cáncer, y otras enfermedades.

Anne Trafton, MIT News Office. Original (en inglés).

Durante la década pasada, científicos han estado siguiendo tratamientos de cáncer basados en interferencia de ARN – un fenómeto que ofrece una manera de apagar los genes con mal funcionamiento con pequeños trozos de ARN. Sin embargo, queda un enorme desafío: encontrar una manera de entregar eficientemente el ARN.

La mayoría del tiempo, ARN pequeño de interferencia (siRNA por sus siglas en inglés de small interfering RNA) – el tipo usado para interferencia ARN – es disuelto rápidamente dentro del cuerpo por enzimas que defienden contra infecciones por virus ARN.

“Ha sido una verdadera lucha el tratar de diseñar un sistema de entrega que nos permita administrar siRNA, especialmente si quieres apuntarle a partes específicas del cuerpo”, dijo Paula Hammond, Profesora de Ingeniería del David H. Koch en el MIT.

Hammond y sus colegas han llegado con un novedoso vehículo de entrega en el que el ARN es empacado dentro de microesferas tan densas que pueden resistir la degradación hasta alcanzar sus destinos. El nuevo sistema, descrito el 26 de febrero en el diario “Nature Materials”, derriba la expresión de genes específicos tan efectivamente como los métodos existentes de entrega, pero con una dosis mucho menor de partículas.

Dichas partículas podrían ofrecer una nueva manera de tratar no solo el cáncer, sino también cualquier otra enfermedad crónica causada por un “gen que no se comporta”, dijo Hammond, quien también es miembro del Instituto David H. Koch para Investigación de Cáncer Integrativa. “Interferencia de ARN tiene una enorme promesa para un gran número de enfermedades, una de las cuales es el cáncer, pero también enfermedades neurológicas y enfermedades inmunes”, dijo.

El autor líder de la revista académica es Jong Bum Lee, un antiguo postdoctorado en el laboratorio de Hammond. El postdoctorado Jinkee Hong, el doctor Daniel Bonner y el doctor Zhiyong Poon también son autores de la revista académica.

Interrupción genética

La interferencia de ARN es un proceso que ocurre naturalmente, descubierto en 1998, que permite a células ajustar precisamente su expresión genética. La información genética normalmente se carga del ADN en el núcleo a los ribosomas, estructuras celulares donde se forman las proteínas. siRNA se une al mensajero ARN que carga esta información genética, destruyendo instrucciones antes de que alcances al ribosoma.

Los científicos trabajan en muchas maneras para replicar artificialmente este proceso para apuntar a genes específicos, incluyendo empacar siRNA en nanopartículas hechas de lípidos (grasas) o materiales inorgánicos como el oro. Aunque muchas de éstas han mostrado algo de resultados, una desventaja es que es difícil cargar grandes cantidades de siRNA en estos cargueros, por que los cortos filamentos no se empacan ajustadamente.

Para superar esto, el equipo de Hammond decidió empacar el ARN como un largo filamento que se doblaría en una pequeña y compacta esfera. Los investigadores usaron un método para sintetizar ARN conocido como transcripción de círculo rotatorio para producir filamentos extremadamente largos de ARN hechos de una secuencia repetidora de 21 nucleoides. Esos segmentos están separados por una extensión más corta que es reconocida por la enzima Dicer, que corta el ARN cuando encuentra esa secuencia.

Conforme el filamento de ARN es sintetizado, se dobla en hojas que entonces se auto-ensamblan en una esfera muy densa similar a esponja. Hasta medio millón de copias de la misma secuencia de ARN pueden ser empacadas en una esfera con un diámetro de solo dos micrones. Una vez que la esferas se forman, los investigadores las empacan en una capa de polímero cargado positivamente, que induce a las esperas a empacarse aún más apretadas (hasta un diámetro de 200 nanómetros) y también las ayuda a entrar en las células.

Después de que las esferas entran a una célula, la enzima Dicer corta el ARN en lugares específicos, liberando las secuencias siRNA de 21 nucleótidos.

Peixuan Guo, director del Centro de Desarrollo de Nanomedicina NIH en la Universidad de Kentucky, dijo que el aspecto más emocionante del trabajo es el desarrollo de un método de auto-ensamblado para partículas de ARN. Guo, quien no fue parte del equipo de investigación, agrega que las partículas podrían ser más efectivas en entrar en las células si fueran encogidas a escalas aún más pequeñas, cercanas a los 50 nanómetros.

Apuntando a tumores

En la revista académica de “Nature Materials”, los investigadores probaron sus esferas programándolas para liberar secuencias de ARN que apagaran un gen que provoca que las células de tumores brillen en ratones. Encontraron que podían alcanzar el mismo nivel de derribo de sistemas de entrega de nanopartículas convencionales, pero utilizando hasta mil veces menos partículas.

Las microesponjas se acumulan en los sitios de tumores a través de un fenómeno comúnmente utilizado para entregar nanopartículas: Los vasos sanguíneos que rodean tumores tienen “filtraciones,” lo que significa que tienen pequeños poros a través de los cuales muy pequeñas partículas pueden colarse.

En estudios futuros, los investigadores planean diseñar microesferas recubiertas con polímeros que específicamente apunten a células de tumores u otras células de enfermedades. También trabajan en esferas que carguen ADN, para un potencial uso en terapia genética.

Reimpreso con permiso de MIT News.

Fuente
http://web.mit.edu/ (en inglés)

Nanorobots podrían matar células cancerosas

Nanorobot
Nanorobot

Utilizando una técnica conocida como “origami de ADN”, investigadores crearon pequeñas estructuras de ADN que pueden pegarse a células específicas de cáncer y liberar una carga mortal en ellas.

Esta técnica conocida como origami de ADN permite crear estructuras bidimensionales y tridimensionales a una nanoescala utilizando ADN. Por ahora era solo un concepto entretenido, pero investigadores pudieron crear un dispositivo que puede buscar y destruir células vivientes, los investigadores llamaron a estas estructuras nanorobots.

Estos dispositivos tienen una forma como de barril, de alrededor de 35 nanómetros de díametro, con 12 lugares para poder cargarlos de móleculas capaces de destruir una célula. Adicionalmente a esto, estas estructuras tienen dos “candados”, pequeñas hebras con una secuencia de ADN específica a la que cierta proteína encontrada únicamente en la superficie de la célula objetivo puede pegarse. Cuando las proteínas (o “llaves”) en la superficie de la célula se pegan a los “candados”, estos se abren y la estructura cambia de forma, liberando su carga.

DNA nanorobot from Wyss Institute on Vimeo.

Las estructura fue diseñada utilizando un software libre, llamado Cadnano, desarrollado por uno de los autores, Shawn Douglas, un biofísico en el Instituto Wyss de Ingeniería Inspirada Biológicamente de Harvard. Y después construyeron los robots usando la técnica de origami de ADN.

Aún no se sabe si estas estructuras funcionarán en un organismo viviente. Ya que están diseñadas para comunicarse con la superficie de células, si el objetivo a tratar se encuentra dentro de la célula, esta técnica podría no ayudar. Así mismo, estos robots son rápidamente limpiados por el hígado o destruidos por nucleasas, enzimas que consumen trozos de ADN que se pierden.

Más información
http://wyss.harvard.edu/ (en inglés)
http://www.nature.com/ (en inglés)

Noruega incorpora la secuenciación de ADN a su sistema nacional de salud

Bandera Noruega

La nación escandinava, con una población de 4.86 millones, está listo para convertirse en el primer país que utilice la secuenciación de ADN para buscar mutaciones en tumores que puedan revelar que tratamientos de cáncer serían más efectivos para el paciente. Noruega cuenta con un sistema de salud socializado.

El Consorcio Noruego de Genómica Cancerosa (Norwegian Cancer Genomics Consortium) llevará a cabo una fase piloto con una duración de tres años, durante el cual secuenciará los tumores de 1,000 pacientes con la esperanza de influir sus tratamientos. También analizará otras 3,000 biopsias de tumores obtenidas con anterioridad para obtener una mejor idea de las mutaciones de los diferentes cánceres, y cómo influencian la respuesta a las drogas de un paciente. En una segunda fase, el proyecto construirá la infraestructura de laboratorios, clínicas y computación necesarias para llevar este cuidado a los 25,000 noruegos que son diagnosticados con cáncer cada año.

La meta final de Noruega es secuenciar cada tumor canceroso de los pacientes y proveer tratamientos personalizados. El proyecto podría costar más de 4 millones de euros (6.3 millones de dólares) sin incluir el costo del equipo.

El reto de Noruega será el secuenciar los genomas de cáncer con la suficiente rapidez y precisión para guiar a los médicos. Hoy en día la secuenciación genética se lleva a cabo en laboratorios certificados, secuenciado genético de calidad que pueda realizarse en clínicas aún está en su infancia y hay pocos hospitales equipados para ofrecerlo, además de que esto aún no le es de mucha ayuda a los oncólogos independientemente de su precisión.

Más información
http://www.nature.com/ (en inglés)
Norwegian Cancer Genomics Consortium (en inglés)

Errores metabólicos pueden significar la muerte para el ADN

Adenina
Adenina

Muchas funciones celulares críticas dependen de una clase de moléculas llamadas purinas, que forma la mitad de los bloques de construcción del ADN y el ARN (ácido ribonucleico), y son los mayores componentes de los químicos que guardan la energía de las células. Las células mantienen un control rígido sobre su suministro de purina, y cualquier alteración de eso puede tener serias consecuencias.

Por Anne Trafton, MIT News Office. Original (en inglés).

Los ingenieros biológicos del MIT (Massachusetts Institute of Technology – Instituto Tecnológico de Massachusetts) midieron precisamente los efectos de errores en sistemas para la producción y el consumo de la purina. Encontraron que defectos en las enzimas que controlan estos procesos pueden alterar severamente las secuencias de ADN de las células, lo que podría explicar por que la gente que carga ciertas variantes genéticas de enzimas metabólicas de purina tienen un riesgo más alto para algunos tipos de cáncer.

El ADN consiste usualmente de una secuencia de cuatro bloques de construcción o nucleótidos: adenina (A), guanina (G), citosina (C) y timina (T). La guanina y la adenina son purinas, y cada una tiene un pariente estructural cercano que puede tomar su lugar en el ADN o el ARN. Cuando estos nucleótidos, conocidos como xantina e hipoxantina, son insertados por error en el ADN, causan mutaciones. También pueden interferir con las funciones del mensajero ARN (mARN), que carga las instrucciones del ADN al resto de la célula, y las moléculas de ARN que traducen mARN en proteínas.

“Una célula necesita controlar la concentración muy cuidadosamente para que tenga justo la información correcta de bloques de construcción cuando está sintetizando ADN. Si la célula tiene un desbalanceo en la concentración de estos nucleótidos, va a cometer un error”, dijo Peter Dedon, un profesor de ingeniería biológica en el MIT y autor del estudio, el cual aparecerá en la revista científica Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) la semana del 30 de Enero.

Además de formar la columna vertebral del ADN y el ARN, las purinas también son un componente principal del adenosín trifosfato (ATP), la energía concurrente de la célula; de otras moléculas que manejan el flujo de energía de la célula; y de pequeños cofactores químicos requeridos para la actividad de miles de enzimas celulares.

Metabolismo anormal

Docenas de enzimas están involucradas en el metabolismo de purina, y se sabe hace mucho que el mal funcionamiento de esas enzimas pueden tener efectos adversos. Por ejemplo, perder una enzima que salva purina, que recupera nucleótidos de ADN y ARN degradados, lleva a niveles sanguíneos altos de ácido úrico, causando gota y piedras en los riñones – y en casos extremos, un desorden neurológico llamado síndrome de Lesch-Nyhan. Perder otra enzima de salvado produce una enfermedad llamada inmunodeficiencia combinada severa.

El metabolismo anormal de la purina también puede llevar a efectos secundarios para la gente tomando una clase de drogas llamadas tiopurinas. En algunas personas, estas drogas, comúnmente usadas para tratar la leucemia, el linfoma, la enfermedad de Crohn, artritis reumatoide y el rechazo de órganos trasplantados, puede ser metabolizada en compuestos tóxicos. Pruebas genéticas pueden revelar que pacientes deben evitar drogas de tiopurina.

En el nuevo estudio, Dedon y sus colegas alteraron alrededor de media docena enzimas que metabolizan purina en E. coli y levadura. Después de alterar las enzimas, los investigadores midieron cuanta xantina e hipoxantina fue integrada en el ADN y el ARN de las células, usando una técnica de espectrometría de masas altamente sensible que habían desarrollado previamente para estudiar el daño causado al ADN y el ARN por inflamación.

Encontraron que las enzimas que no funcionan bien podrían producir incrementos dramáticos – hasta 1,000 veces más – en las cantidades de hipoxantina incorporada al ADN y el ARS en lugar de la adenina. Sin embargo, vieron poco cambio en la cantidad de xantina insertada en lugar de guanina.

Chris Mathews, un profesor emérito de bioquímica y biofísica en la Universidad Estatal de Oregon, dijo que el encuentro podría ayudar a los investigadores a entender mejor como los defectos en el metabolismo de la purina causan enfermedades. “Esta revista académica abre la puerta a numerosos estudios – por ejemplo, viendo los efectos biológicos resultantes de la acumulación de bases anormales en el ADN y ARN”, dijo Mathews, quien no estuvo involucrado en este estudio.

Científicos han encontrado una buena cantidad de variaciones genéticas en las enzimas que metabolizan purina en humanos, por lo que el equipo planea investigar el impacto de esas variantes humanas de inserción de xantina e hipoxantina en el ADN. También están interesados en estudiar el metabolismo de los otros dos nucleótidos encontrados en el ADN, citosina y timina, los que son pirimidinas.

Reimpreso con permiso de MIT News.

Fuente
http://web.mit.edu/ (en inglés)

Se descubre el proceso de la leucemia mieloide aguda

Células de leucemia
Células de leucemia

Investigadores en UC Santa Barbara (UCSB) descubrieron un camino molecular que podría explicar como una forma de cáncer particularmente mortal se desarrolla. El descubrimiento podría llevar a nuevas terapias contra el cáncer que reprogramen células en vez de matarlas. El hallazgo es publicado en una revista académica reciente en el Journal of Biological Chemistry (Diario de Química Biológica).

El equipo de investigación describió cómo una cierta mutación en el ADN altera la función celular en pacientes con leucemia mieloide aguda (LMA). Una investigación previa reportada en el New England Journal of Medicine (Diario de Medicina de Nueva Inglaterra), mostró que los pacientes que sufren LMA tienen una mutación de una cierta enzima. Esta enzima es una proteína llamada DNMT3A, la cual produce un cambio en la manera en la que el ADN de los pacientes con AML es metilado o “etiquetado”.

La metilación es la adición de un grupo metilo (-CH3) a una molécula, y se considera el principal mecanismo epigenético. La epigenética se considera la responsable de pasar ciertas características hereditarias entre células y ocurre encima de la genética, esta es la razón por las que dos células con exactamente el mismo ADN se comportan en formas completamente diferentes. En el cuerpo humano existe una proteína o enzima que “etiqueta” el ADN y decide que genes en la célula son encendidos o apagados, es lo que hace que una célula madre comience a actuar como Cerebro o como Hígado. Uno puede tener el mismo ADN en una célula pero no el mismo epigénoma o patrón de metilación o patrón de etiquetado.

En la leucemia, el patrón de etiquetado está revuelto, lo que hizo el grupo en CUSB fue desarrollar una prueba para demostrar que las enzimas mutantes en LMA solo pueden trabajar en su ADN distancias cortas, como resultado el patrón de metilación preciso es alterado, resultando en genes quedando encendidos en partes incorrectas, lo que inicia el crecimiento de las células cancerosas. Los autores de la revista académica fueron Holz-Schietinger y Douglas Matje, estudiantes graduados trabajando en el Laboratorio Reich.

Más información
http://www.ia.ucsb.edu/ (en inglés)

Imagen
Public Library of Science Creative Commons Reconocimiento 2.5 Genérica

Con la nueva caja de OpenPCR se puede analizar el ADN de forma más fácil y económica

OpenPCR
OpenPCR / wired.com

Digamos que deseamos identificar el moho sobre esa pizza que quedó, o hacer una prueba de paternidad muy discreta. Necesitaríamos ADN. Una gran cantidad de él. En los laboratorios se toman algunas moléculas desde una muestra bucal con un hisopo y las replican en una máquina PCR (polymerase chain reaction – reacción en cadena de la polimerasa) hasta que haya miles de millones de ellas. Pero esas máquinas cuestan de 3,000 dólares en adelante. La nueva caja de OpenPCR hace lo mismo con el costo de un iPad, y es muy fácil de usar.

Se coloca un poco de la muestra en un tubo plástico de 0,2 ml mezclándola con unos pocos microlitros de la mezcla de PCR, se deja caer el tubo en uno de los agujeros en la parte superior de la caja, y se introducen los tiempos y las temperaturas en el software de control de escritorio. Y pocas horas después y decenas de ciclos de calentamiento y de enfriamiento, se tiene suficiente ADN para la clasificación y secuenciación. Tienes una máquina de secuenciación, ¿verdad?

Fuente:
http://www.wired.com/ (en inglés)

Prueba de ADN para determinar el futuro deportivo de niños

Proteina ACTN3
Proteina ACTN3 © Emw en Wikipedia. CC BY-SA

La compañía Atlas basada en Boulder, Colorado; está vendiendo pruebas de ADN por USD$160 para determinar la ventaja genética de los niños en diferentes deportes. Están buscando un gen llamado ACTN-tres (Alfa-actinina-tres)el cual responsable por los ‘músculos explosivos que se contraen rápido”. Los músculos que se contraen más despacio son más eficientes al utilizar el oxígeno, mientras que los músculos que se contraen más rápido son menos eficientes. Sin embargo, los músculos que se contraen más rápidos son capaces de generar más fuerza.

Los niños que no tienen ACTN-tres serán mejores en deportes de dureza como atletismo o natación debido a este uso más eficiente del oxígeno. Los que tienen mucho de esto serán mejores en deportes como futbol, rugby, luchas o hockey que requieren de una aplicación mayor de fuerza en menos tiempo. Los niños que tienen algo de ACTN-tres no serán los más rápidos o los más lentos, no se cansarán tan rápido y no durarán el mayor tiempo. Se categorizan como capaces de practicar cualquier deporte que quieran.

Fuentes:
www.necn.com (en inglés)
Página de la compañía Atlas (en inglés)

Investigadores trabajan en decodificar el proceso del envejecimiento

ADN
ADN

Científicos están comenzando a decodificar la compleja biología involucrada en el proceso del envejecimiento. Los recientes avances en esto puede llevar a tratamientos que alenten o incluso contrarresten la degeneración y enfermedades.

Norman Sharpless, profesor de medicina y genética de la Universidad de Carolina del Norte dice: “Estamos viendo un cambio mayor, desarrollos muy importantes y verdaderos esfuerzos terapéuticos para tratar enfermedades relacionadas con la edad.”

“Es una época muy interesante en la investigación sobre el envejecimiento”. dijo Sharpless.

En octubre una investigación francesa, lidereada por Jean-Marc Lemaitre en el Instituto de Genómica Funcional, muestra que células en ancianos pueden ser rejuvenecidas como células madre, eliminando los rastros de la edad y por consiguiente rejuveneciéndolas.

A finales del 2010 un estudio estadounidense en Boston mostró que la edad puede revertirse en ratones que fueron tratados con telomerasa, una enzima producida naturalmente por el cuerpo y que protege las secuencias de ADN (telómeros) al final de cromosomas.

Un segundo estudio estadounidense en ratones modificados genéticamente mostró que al remover células senescentes, que dejan de renovarse y se incrementan con la edad, previenen o retrasan el envejecimiento.

Dan Perry, presidente de la Alianza para la Investigación sobre el Envejecimiento en Washington, dijo: “La esperanza no es extender el tiempo de vida, sino extender el tiempo de salud… para reducir el impacto de la diabetes, enfermedades cardiovasculares y el cancer”, permitiendo que las personas en sus años 70 y 80 disfruten de mejores años finales.

Fuente:
medicalxpress.com (en inglés)

Científicos chinos han modificado genéticamente granos de arroz para producir sangre

Arroz sangre
© YuG / Shutterstock

Investigadores de la Universidad de Wuhan en China han modificado granos de arroz genéticamente para que produzcan un componente clave de la Sangre humana. Con la intención de tener una alternativa a las donaciones, parecería cosa de magia pero en realidad son los avances de la medicina.

La técnica consiste en introducir los genes humanos en el ADN del arroz, que crea una proteína necesaria para la seroalbúmina humana, un extracto de la sangre valiosa para usarse en transfusiones, informa The Telegraph.

Así que ya no habría preocupación por el VIH y otras infecciones transmitidas por transfusiones de sangre, si se puede hacer crecer nuestra propia sangre, habría “campos de sangre” lo que se oye impresionante pero sería realmente un cambio radical en la medicina y se salvarían muchas vidas.

Fuentes:
http://gizmodo.com/ (en inglés)

Secuenciación del ADN de una mujer que vivió hasta los 115 años

Secuenciacion de ADN
© SPL

El ADN de una mujer anónima conocida como “W115”, la cual vivió hasta la edad de 115 años y dejó su cuerpo a la ciencia, ha sido secuenciado.

A pesar de su edad avanzada, W115 no mostró signos de demencia o enfermedades cardíacas, y varias pruebas que se le realizaron a la edad de 113 años mostraron que tenía la capacidad mental de una mujer de 60 a 75 años.

El doctor Henne Holstege del Departamento de Genética Clínica en el Centro Médico Universitario VU en Amsterdam, sugirió que W115 tenía variaciones genéticas poco comunes en su ADN que la protegían contra el Alzheimer y otras enfermedades de la tercera edad.

Más información:
http://www.bbc.co.uk/ (en inglés)