Errores metabólicos pueden significar la muerte para el ADN

Adenina
Adenina

Muchas funciones celulares críticas dependen de una clase de moléculas llamadas purinas, que forma la mitad de los bloques de construcción del ADN y el ARN (ácido ribonucleico), y son los mayores componentes de los químicos que guardan la energía de las células. Las células mantienen un control rígido sobre su suministro de purina, y cualquier alteración de eso puede tener serias consecuencias.

Por Anne Trafton, MIT News Office. Original (en inglés).

Los ingenieros biológicos del MIT (Massachusetts Institute of Technology – Instituto Tecnológico de Massachusetts) midieron precisamente los efectos de errores en sistemas para la producción y el consumo de la purina. Encontraron que defectos en las enzimas que controlan estos procesos pueden alterar severamente las secuencias de ADN de las células, lo que podría explicar por que la gente que carga ciertas variantes genéticas de enzimas metabólicas de purina tienen un riesgo más alto para algunos tipos de cáncer.

El ADN consiste usualmente de una secuencia de cuatro bloques de construcción o nucleótidos: adenina (A), guanina (G), citosina (C) y timina (T). La guanina y la adenina son purinas, y cada una tiene un pariente estructural cercano que puede tomar su lugar en el ADN o el ARN. Cuando estos nucleótidos, conocidos como xantina e hipoxantina, son insertados por error en el ADN, causan mutaciones. También pueden interferir con las funciones del mensajero ARN (mARN), que carga las instrucciones del ADN al resto de la célula, y las moléculas de ARN que traducen mARN en proteínas.

“Una célula necesita controlar la concentración muy cuidadosamente para que tenga justo la información correcta de bloques de construcción cuando está sintetizando ADN. Si la célula tiene un desbalanceo en la concentración de estos nucleótidos, va a cometer un error”, dijo Peter Dedon, un profesor de ingeniería biológica en el MIT y autor del estudio, el cual aparecerá en la revista científica Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) la semana del 30 de Enero.

Además de formar la columna vertebral del ADN y el ARN, las purinas también son un componente principal del adenosín trifosfato (ATP), la energía concurrente de la célula; de otras moléculas que manejan el flujo de energía de la célula; y de pequeños cofactores químicos requeridos para la actividad de miles de enzimas celulares.

Metabolismo anormal

Docenas de enzimas están involucradas en el metabolismo de purina, y se sabe hace mucho que el mal funcionamiento de esas enzimas pueden tener efectos adversos. Por ejemplo, perder una enzima que salva purina, que recupera nucleótidos de ADN y ARN degradados, lleva a niveles sanguíneos altos de ácido úrico, causando gota y piedras en los riñones – y en casos extremos, un desorden neurológico llamado síndrome de Lesch-Nyhan. Perder otra enzima de salvado produce una enfermedad llamada inmunodeficiencia combinada severa.

El metabolismo anormal de la purina también puede llevar a efectos secundarios para la gente tomando una clase de drogas llamadas tiopurinas. En algunas personas, estas drogas, comúnmente usadas para tratar la leucemia, el linfoma, la enfermedad de Crohn, artritis reumatoide y el rechazo de órganos trasplantados, puede ser metabolizada en compuestos tóxicos. Pruebas genéticas pueden revelar que pacientes deben evitar drogas de tiopurina.

En el nuevo estudio, Dedon y sus colegas alteraron alrededor de media docena enzimas que metabolizan purina en E. coli y levadura. Después de alterar las enzimas, los investigadores midieron cuanta xantina e hipoxantina fue integrada en el ADN y el ARN de las células, usando una técnica de espectrometría de masas altamente sensible que habían desarrollado previamente para estudiar el daño causado al ADN y el ARN por inflamación.

Encontraron que las enzimas que no funcionan bien podrían producir incrementos dramáticos – hasta 1,000 veces más – en las cantidades de hipoxantina incorporada al ADN y el ARS en lugar de la adenina. Sin embargo, vieron poco cambio en la cantidad de xantina insertada en lugar de guanina.

Chris Mathews, un profesor emérito de bioquímica y biofísica en la Universidad Estatal de Oregon, dijo que el encuentro podría ayudar a los investigadores a entender mejor como los defectos en el metabolismo de la purina causan enfermedades. “Esta revista académica abre la puerta a numerosos estudios – por ejemplo, viendo los efectos biológicos resultantes de la acumulación de bases anormales en el ADN y ARN”, dijo Mathews, quien no estuvo involucrado en este estudio.

Científicos han encontrado una buena cantidad de variaciones genéticas en las enzimas que metabolizan purina en humanos, por lo que el equipo planea investigar el impacto de esas variantes humanas de inserción de xantina e hipoxantina en el ADN. También están interesados en estudiar el metabolismo de los otros dos nucleótidos encontrados en el ADN, citosina y timina, los que son pirimidinas.

Reimpreso con permiso de MIT News.

Fuente
http://web.mit.edu/ (en inglés)

E-coli modificada genéticamente convierte algas en etanol

E_coli
Imagen: Eric Erbe

Investigadores del Bio Architecture Lab, Inc., (BAL) y la Universidad de Washington en Seattle dieron el primer paso para explotar las ventajas naturales del alga marina en la creación de biocombustibles. Las algas marinas crecen en mucho de las dos terceras partes del planeta que están bajo el agua, obtiene sus nutrientes y agua del océano por lo que no requiere de riego o fertilizante, y no contiene azúcares complejos que endurezcan la planta.

El biólogo sintético Yasuo Yoshikuni, un co-fundador de BAL, y sus colegas tomaron la Escherichia coli mejor conocida como E-coli, y le hicieron algunas modificaciones genéticas para darle la habilidad de convertir azúcares contenidas en laminariales (una orden de grandes algas) comestibles llamadas kombu en combustible. Reportaron sus hallazgos en el tomo del 20 de enero del diario Science.

Más información
http://www.scientificamerican.com/ (en inglés)

El presupuesto energético de los microorganismos

Células
Imagen: Mari Kempes

Todos los organismos vivientes balancean un cierto tipo de presupuesto – asignando energía a diversas partes de su cuerpo para sustentar los procesos esenciales para la vida. A través de su vida, un organismo puede re-balancear este presupuesto para gastar más energía en unos ciertos procesos que en otros. De acuerdo a cómo gasta un organismo su energía determina, en gran parte, su habilidad para sobrevivir en el mundo, investigadores que estudian “bioenergética” están modelando el uso de energía en organismos para entender como las poblaciones crecen y evolucionan.

Investigadores en el MIT (Massachusetts Institute of Technology) han elaborado un modelo de cómo la energía es gastada en los organismos más pequeños y más simples de la tierra, que van desde bacterias unicelulares a microbios multi-celulares. El modelo divide los posibles usos de energía de un organismo en dos amplias categorías: crecimiento y reproducción, y mantenimiento y reparación. Basados en el tamaño de un organismo dado, el modelo predice precisamente que fracción de la energía es gastada en cada categoría.

Los científicos dicen que esta información podría ser crucial para determinar como las poblaciones de bacterias y otros microbios crecen y se esparcen en los océanos y en el suelo. El modelo también le ayuda a los investigadores a interpretar cambios evolutivos mayores: Conforme los microbios evolucionen para volverse más complejos, lo más probable es que reharán el presupuesto de energía para soportar nueva maquinaria celular.

Los investigados publicaron sus resultados en la edición del 26 de diciembre de “Proceedings of the National Academy of Sciences” (Procedimientos de la Academia Nacional de Ciencias).

Mick Follows, coautor de la revista académica y un científico investigador en el Departamento de las Ciencias Terrestres, Atmosféricas y Planetarias del MIT, dice que todos los organismos, en algún punto, enfrentan la decisión de reparar o reproducirse, algunos invierten más energía en un proceso que en el otro.

“Puedes imaginarte que una estrategia vital para un organismo podría ser: ‘No voy a gastar nada en mantenimiento, solo voy a reproducirme tan rápidamente como sea posible y espero hacer tantas copias de mí que algunas de ellas lo lograrán,'” dice Follows. “Y la estrategia opuesta es, ‘Bueno, voy a invertir menos en reproducción, y realmente cuidarme y mantenerme en una buena condición y no morir si puedo evitarlo.'”

El estudiante graduado de Follows, Christopher Kempes desarrolló un modelo matemático que predice, ampliamente, cómo los microbios reparten la energía. Kempes creó ecuaciones que representan que tan rápido crece un microbio dado, así como la cantidad total de comida que un organismo puede convertir en energía. El equipo, junto con la científica investigadora Stephanie Dutkiewicz, compilaron los datos de otros investigadores que midieron el peso de varios microbios sobre su tiempo de vida, incluyendo bacterias unicelulares y pequeños camarones multi-celulares.

El equipo del MIT combinó los datos con sus ecuaciones, y encontró algunos patrones interesantes entre los microbios.

Para el microbio de los intestinos Escherichia coli (E. Coli), casi cada onza de energía se gasta en la reproducción. A través de su vida, una sola bacteria E. Coli crece y se divide continuamente, colonizando rápidamente un conducto estomacal o una placa de petri con millones de células simples. La ligeramente más compleja alga verde exime una trayectoria similar, reproduciéndose hasta el final antes de re-enfocar su energía hacia dentro, en procesos que mantienen la maquinaria celular. En Contraste, los pequeños crustáceos milimétricos están más auto-involucrados, gastando la mayoría de su vida manteniendo complejos componentes antes de gastar energía en reproducción.

La tendencia general, dice Follows, parece ser que mientras más grande y más complejo es un organismo, más energía gasta buscando mantenerse a sí mismo, o reparando estructuras internas. Los organismos más pequeño y simples se enfocan más en crecer y proliferar, contando en sus grandes números para incrementar sus posibilidades de supervivencia.

“Puedes darte una idea de como vas a partir de células muy sencillas que pueden crecer rápido,” dice Follows. “Conforme agregan maquinaria, invierten más en mantenimiento. Y entonces en cierto punto, la estrategia también se vuelve muy intensiva en términos de energía. Pero en ese punto, la multicelularidad te permite compartir energía y recursos con otras células.”

Estas tendencias, especula el equipo, podría reflejar los amplios cambios evolucionarios entre las procariotas (organismos que no tienen un núcleo u orgánulos pegados a las membranas) unicelulares como la E. coli, procariotas más complejas como las algas verdes, y organismos multi-celulares simples como los pequeños camarones. A través de su modelo, los investigadores pueden determinar el tamaño más pequeño de los organismos simples, basados en como usan su energía, así como el tamaño al cual los organismos evolucionan para volverse multi-celulares.

“Esas transiciones evolucionarias ocurren en nuestro modelo en etapas muy predecibles,” dice Kempes. “Esas transiciones permiten a los organismos volverse más grandes, y esa es la historia de como la vida se volvió tan compleja.”

Steven Allison, un profesor asistente de ecología y biología evolucionaria en la Universidad de California en Irvine, dice que el nuevo modelo del grupo puede ser usado para evaluar cómo todos los organismos, grandes y pequeños, gastan energía.

“La innovación clave aquí es que el uso de energía y recursos de los microbios puede cambiar a través de sus ciclos de vida,” dice Allison. “Estas diferencias no han sido apreciadas antes. Esto significa que podría ser posible predecir la tasa de crecimiento de la población basada en el tamaño de las células y su tipo.”

El equipo planea incorporar el modelo matemático para la energía de un solo organismo en modelos de poblaciones a gran escala. Follows dice que conociendo cómo un solo organismo reparte la energía podría ayudar a investigadores a modelar de manera más precisa cómo los microbios se dispersan a través de un entorno. Por ejemplo, si un científico construye un modelo para representar bacterias en el océano, la población podría verse muy diferente dependiendo de si el investigador programa las bacterias a gastar toda su energía en reproducción o en reparación.

“En cierto sentido, los modelos actuales de Fitoplancton (organismos con capacidad fotosintética que viven dispersos en el agua) en el océano no usan este tipo de información,” dice Follows. “Necesitamos mejorar esos modelos.”

Fuente:
http://web.mit.edu/ (en inglés)

Proteinas construyen “jaulas” alrededor de bacterias

Septin
© S.MOSTOWY

Proteínas llamadas septinas pueden construir “jaulas” alrededor de patógenos para prevenir que infecten otras células. De acuerdo a los investigadores, el sistema de defensa recién descubierto podría llevar a nuevas terapias para enfermedades como la disentería. Los microbios atrapados en las jaulas eventualmente se descomponen mediante autofagia (proceso mediante el cual una célula se consume a si misma al no ser alimentada).

Las septinas son encontradas en muchos organismos, y se conocen principalmente por construir andamios para proveer de soporte estructural durante la división celular. Un ejemplo de el proceso descubierto sucedió con la Shigella, una bacteria relacionada con la Salmonella y la E. Coli que a veces causa diarrea letal en primates. Para propagarse entre células, la Shigella desarrolla ‘colas’ de polímero, con la que se propulsan los microbios hacia células en los alrededores. Cuando esto sucede, el cuerpo humano produce una proteína que actúa como señal celular llamada TNF-α. Los investigadores descubrieron que cuando esta proteína está presente, delgados grupos de filamentos de septina encierran a los microbios, esto interfiere con la formación de las colas y esto evita que la Shigella pueda propulsarse.

Fuentes:
http://www.nature.com/
http://www.landesbioscience.com/

Gaviotas propagan bacterias resistentes en playas

Gaviota
© stevehdc
CC BY-SA 2.0

Un equipo de investigadores encontró la posible razón de que los factores de resistencia de las bacterias a los antibióticos se estén propagando de manera tan rápida alrededor del mundo y con patrones impredecibles.

La culpa parece ser de las gaviotas. El doctor Patrice Nordmann, del Hopital de Bicetre cerca de París, dió a conocer los resultados de un pequeño estudio en que se buscaron bacterias resistentes en heces de gaviotas, donde se encontraron 83 cepas de bacterias intestinales.

Siete de las cepas de E. coli portaban genes que producían enzimas CTX-M, un factor de resistencia que recientemente se ha propagado por todo el mundo, que protege a las bacterias de una muy amplia categoría de medicamentos llamados beta-lactamas de amplio espectro (ESBL). Además, 14 de las cepas de E. coli también portaban el gen para la enzima CMY-2, la cual proporciona a la salmonella esa misma resistencia a los ESBL.

Debido a las grandes distancias que recorren las gaviotas, esto se ha convertido en un fenómeno a nivel mundial. Investigadores de distintos continentes han encontrado durante varios estudios bacterias resistentes en excrementos de aves, y la relación entre entornos costeros no se limita a E. coli, pues también han encontrado MRSA (estafilococos resistentes a múltiples medicamentos) en playas del noroeste del Pacífico y California.

Nordmann advirtió que la E. coli (incluyendo las cepas resistentes), está ampliamente distribuida gracias a su transporte en intestinos de humanos y animales. Un ave puede recogerla simplemente por beber agua contaminada, teniendo en cuenta además que las gaviotas son aves carroñeras que hurgan entre la basura.

En el año 2005, un equipo de investigación encontró bacterias resistentes a antibióticos en heces de gansos canadienses, que vivian en extensiones de agua en Carolina del Norte y Georgia. Pero el porte de bacterias en los gansos no era uniforme; las bacterias resistentes se encontraban sólo en gansos que vivían en aguas cercanas a grandes granjas de cerdos. Los patrones de resistencia en esas bacterias, coincidieron con los que habían sido encontrados por agencias de salud federales en cerdos a los que se les administra antibióticos rutinariamente en la agricultura de modelo industrial. Los investigadores concluyeron que los gansos pudieron servir para dispersar las bacterias entre lugares muy distantes.

Fuente:
http://www.wired.com/